Цисти утворюються при згущенні фекалій у товстій кишці. Просвітня форма оточується оболонкою і перетворюється на кулясту цисту (Розмір близько 12 мкм) з 4 ядрами, які не відрізняються за будовою від ядра вегетативної форми.
Цистна форма (стадія, що спочиває) представлена цистою діаметром 9-16 мкм. Зріла цисту містить 4 ядра (У непатогенної Entamoeba coli цисту містить 8 ядер). резистентність. Вегетативні форми збудника поза організмом швидко гинуть.
Цисти з чотирма ядрами називаються зрілими. Вони виявляються у гострій стадії кишкового амебіазу та у стадії реконвалесценції. При попаданні цист у тонку кишку людини відбувається руйнування їх оболонок. З цисти виходить чотириядерна материнська форма амеби, з якої після поділу утворюються 8 одноядерних амеб.